Применение данных белковой кристаллографии и машинного обучения для разработки пептидной вакцины против африканской чумы свиней

А. Ивановский; Ивановский А. С.; И. Колесников; Колесников И. А.; Ю. Кордонская; Кордонская Ю. В.; А. Ермаков; Ермаков А. В.; М. Марченкова; Марченкова М. А.; В. Тимофеев; Тимофеев В. И.; Ю. Писаревский; Писаревский Ю. В.; Ю. Дьякова; Дьякова Ю. А.; М. Ковальчук; Ковальчук М. В.

doi:10.31857/S0023476123600805

Применение данных белковой кристаллографии и машинного обучения для разработки пептидной вакцины против африканской чумы свиней

Authors: Ивановский А.¹, Колесников И.², Кордонская Ю.²^,1, Ермаков А.², Марченкова М.²^,1, Тимофеев В.²^,1, Писаревский Ю.²^,1, Дьякова Ю.², Ковальчук М.²
Affiliations:
1. Институт кристаллографии им. А.В. Шубникова ФНИЦ “Кристаллография и фотоника РАН
2. Национальный исследовательский центр “Курчатовский институт”
Issue: Vol 68, No 6 (2023)
Pages: 979-982
Section: КРИСТАЛЛОГРАФИЯ В БИОЛОГИИ И МЕДИЦИНЕ
URL: https://rjonco.com/0023-4761/article/view/673321
DOI: https://doi.org/10.31857/S0023476123600805
EDN: https://elibrary.ru/YEINQY
ID: 673321

Cite item

Full Text

Open Access
Restricted Access

Access granted
Restricted Access

Subscription or Fee Access

Abstract
About the authors
References
Supplementary files
Statistics

Abstract

Проанализирован геном африканской чумы свиней и выявлен белок, способный служить иммуногеном. Для водорастворимого фрагмента данного белка методом молекулярной динамики показано, что он стабилен в водно-солевом растворе. Иммуномоделирование показало, что данный фрагмент вызывает клеточный ответ, следовательно, может быть использован в качестве прототипа вакцины.

References

Rodríguez J.M., Yáñez R.J., Almazán F. et al. // J. Virology. 1993. V. 67 (9). P. 5312.
Mettenleiter T.C., Sobrino F. // Animal Viruses: Molecular Biology. 2008. V. 14. P. 5. https://doi.org/10.3201/eid1405.080077
Anderson E.C., Hutchings G.H., Mukarati N., Wilkinson P.J. // Veterinary Microbiology. 1998. V. 62 (1). P. 1. https://doi.org/10.1016/S0378-1135(98)00187-4
Khomenko S., Beltrán-Alcrudo D., Rozstalnyy A. et al. // Empress Watch. 2013. V. 28. P. 1
Mazur-Panasiuk N., Woźniakowski G., Niemczuk K. // Sci Rep. 2019. V. 9. P. 4556. https://doi.org/10.1038/s41598-018-36823-0
Colson P., De Lamballerie X., Yutin N. et al. // Arch Virol. 2013. V. 158. P. 2517. https://doi.org/10.1007/s00705-013-1768-6
Dixon L.K., Chapman D.A., Netherton C.L., Upton C. // Virus Res. 2013. V. 173 (1). P. 3.
Netherton C.L., Wileman T.E. // Virus Res. 2013. V. 173 (1). P. 76. https://doi.org/10.1016/j.virusres.2012.12.014
Gaudreault N.N., Madden D.W., Wilson W.C. et al. // Front. Vet. Sci. 2020. V. 7. P. 215. https://doi.org/10.3389/fvets.2020.00215
Колесников И.А., Тимофеев В.И., Николенко М.В. и др. // Кристаллография. 2023. Т. 68. № 6. С. 971. https://doi.org/10.31857/S0023476123600179
https://pymol.org/2/
Abraham M.J., Murtola T., Schulz R. et al. // SoftwareX. 2015. V. 1. P. 19. https://doi.org/10.1016/j.softx.2015.06.001
Lindorff-Larsen K., Piana S., Palmo K. et al. // Proteins. 2010. V. 78. P. 1950. https://doi.org/10.1002/prot.22711
Berendsen H.J. C., Postma J.P. M., van Gunsteren W.F. et al. // J. Chem. Phys. 1984. V. 81. P. 3684. https://doi.org/10.1063/1.448118
Parrinello M., Rahman A. // J. Chem. Phys. 1982. V. 76. P. 2662. https://doi.org/10.1063/1.443248
Hess B., Bekker H., Herman J.C. et al. // J. Comput. Chem. 1997. V. 18. P. 1463. https://doi.org/10.1002/(SICI)1096-987X(199709)18: 12%3C1463::AID-JCC4%3E3.0.CO;2-H
Darden T., York D., Pedersen L. // J. Chem. Phys. 1993. V. 98 (12). P. 10089. https://doi.org/10.1063/1.464397
https://kraken.iac.rm.cnr.it/C-IMMSIM/index.php
Luckheeram R.V., Zhou R., Verma A.D., Xia B. // Clin. Dev. Immunol. 2012. https://doi.org/10.1155/2012/925135
Rapin N., Lund O., Bernaschi M., Castiglione F. // PubMed. 2010. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0009862
Carvalho L., Sano Gi., Hafalla J. et al. // Nat Med. 2002. V. 8. P. 166. https://doi.org/10.1038/nm0202-166
Abass O.A., Timofeev V.I., Sarkar B et al. // J. Biomol. Struct. Dynamics. 2021. V. 40 (16). P. 7283. https://doi.org/10.1080/07391102.2021.1896387