Применение данных белковой кристаллографии и машинного обучения для разработки пептидной вакцины против африканской чумы свиней

А. Ивановский; Ивановский А. С.; И. Колесников; Колесников И. А.; Ю. Кордонская; Кордонская Ю. В.; А. Ермаков; Ермаков А. В.; М. Марченкова; Марченкова М. А.; В. Тимофеев; Тимофеев В. И.; Ю. Писаревский; Писаревский Ю. В.; Ю. Дьякова; Дьякова Ю. А.; М. Ковальчук; Ковальчук М. В.

doi:10.31857/S0023476123600805

Применение данных белковой кристаллографии и машинного обучения для разработки пептидной вакцины против африканской чумы свиней

Authors: Ивановский А.¹, Колесников И.², Кордонская Ю.²^,1, Ермаков А.², Марченкова М.²^,1, Тимофеев В.²^,1, Писаревский Ю.²^,1, Дьякова Ю.², Ковальчук М.²
Affiliations:
1. Институт кристаллографии им. А.В. Шубникова ФНИЦ “Кристаллография и фотоника РАН
2. Национальный исследовательский центр “Курчатовский институт”
Issue: Vol 68, No 6 (2023)
Pages: 979-982
Section: КРИСТАЛЛОГРАФИЯ В БИОЛОГИИ И МЕДИЦИНЕ
URL: https://rjonco.com/0023-4761/article/view/673321
DOI: https://doi.org/10.31857/S0023476123600805
EDN: https://elibrary.ru/YEINQY
ID: 673321

Cite item

Full Text

Open Access
Restricted Access

Access granted
Restricted Access

Subscription or Fee Access

Abstract

Проанализирован геном африканской чумы свиней и выявлен белок, способный служить иммуногеном. Для водорастворимого фрагмента данного белка методом молекулярной динамики показано, что он стабилен в водно-солевом растворе. Иммуномоделирование показало, что данный фрагмент вызывает клеточный ответ, следовательно, может быть использован в качестве прототипа вакцины.

References

Rodríguez J.M., Yáñez R.J., Almazán F. et al. // J. Virology. 1993. V. 67 (9). P. 5312.
Mettenleiter T.C., Sobrino F. // Animal Viruses: Molecular Biology. 2008. V. 14. P. 5. https://doi.org/10.3201/eid1405.080077
Anderson E.C., Hutchings G.H., Mukarati N., Wilkinson P.J. // Veterinary Microbiology. 1998. V. 62 (1). P. 1. https://doi.org/10.1016/S0378-1135(98)00187-4
Khomenko S., Beltrán-Alcrudo D., Rozstalnyy A. et al. // Empress Watch. 2013. V. 28. P. 1
Mazur-Panasiuk N., Woźniakowski G., Niemczuk K. // Sci Rep. 2019. V. 9. P. 4556. https://doi.org/10.1038/s41598-018-36823-0
Colson P., De Lamballerie X., Yutin N. et al. // Arch Virol. 2013. V. 158. P. 2517. https://doi.org/10.1007/s00705-013-1768-6
Dixon L.K., Chapman D.A., Netherton C.L., Upton C. // Virus Res. 2013. V. 173 (1). P. 3.
Netherton C.L., Wileman T.E. // Virus Res. 2013. V. 173 (1). P. 76. https://doi.org/10.1016/j.virusres.2012.12.014
Gaudreault N.N., Madden D.W., Wilson W.C. et al. // Front. Vet. Sci. 2020. V. 7. P. 215. https://doi.org/10.3389/fvets.2020.00215
Колесников И.А., Тимофеев В.И., Николенко М.В. и др. // Кристаллография. 2023. Т. 68. № 6. С. 971. https://doi.org/10.31857/S0023476123600179
https://pymol.org/2/
Abraham M.J., Murtola T., Schulz R. et al. // SoftwareX. 2015. V. 1. P. 19. https://doi.org/10.1016/j.softx.2015.06.001
Lindorff-Larsen K., Piana S., Palmo K. et al. // Proteins. 2010. V. 78. P. 1950. https://doi.org/10.1002/prot.22711
Berendsen H.J. C., Postma J.P. M., van Gunsteren W.F. et al. // J. Chem. Phys. 1984. V. 81. P. 3684. https://doi.org/10.1063/1.448118
Parrinello M., Rahman A. // J. Chem. Phys. 1982. V. 76. P. 2662. https://doi.org/10.1063/1.443248
Hess B., Bekker H., Herman J.C. et al. // J. Comput. Chem. 1997. V. 18. P. 1463. https://doi.org/10.1002/(SICI)1096-987X(199709)18: 12%3C1463::AID-JCC4%3E3.0.CO;2-H
Darden T., York D., Pedersen L. // J. Chem. Phys. 1993. V. 98 (12). P. 10089. https://doi.org/10.1063/1.464397
https://kraken.iac.rm.cnr.it/C-IMMSIM/index.php
Luckheeram R.V., Zhou R., Verma A.D., Xia B. // Clin. Dev. Immunol. 2012. https://doi.org/10.1155/2012/925135
Rapin N., Lund O., Bernaschi M., Castiglione F. // PubMed. 2010. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0009862
Carvalho L., Sano Gi., Hafalla J. et al. // Nat Med. 2002. V. 8. P. 166. https://doi.org/10.1038/nm0202-166
Abass O.A., Timofeev V.I., Sarkar B et al. // J. Biomol. Struct. Dynamics. 2021. V. 40 (16). P. 7283. https://doi.org/10.1080/07391102.2021.1896387